Sepanjang masa pemerintahannya, Sultanah Safiatuddin mempersiapkan semua perempuan sebagai calon penggantinya. Dia menginginkan, Kerajaan Aceh Darussalam diperintah oleh empat orang ratu berturut-turut. Putri Naqiah salah satu dari keempat perempuan tersebut.

Dikutip dari buku "Wanita Aceh sebagai Negarawan dan Panglima Perang" karya A Hasjmy disebutkan, Putri Naqiah dilantik sebagai Ratu Aceh pada 23 Oktober 1675. Dia kemudian diberi gelar Seri Ratu Nurul Alam Naqiatuddin.

Banyak tantangan besar yang dihadapi Ratu Naqiatuddin pada awal pemerintahannya baik dari dalam maupun luar negeri. Ancaman hebat dari luar datang dari Belanda, Portugis, dan Inggris. Kongsi dagang negara-negara tersebut gencar ingin menguasai jalur perdagangan Selat Malaka dan pantai barat Sumatra.

Sedangkan, dari dalam negeri ancaman datang dari kaum Wujudiyah yang dinilai kerajaan melenceng dari ajaran Islam. Mulanya, kaum Wujudiyah adalah pengikut aliran sufistik yang meyakini teori “wahdatul wujud” alias kesatuan tuhan dengan alam semesta yang digagas mistikus Ibn Alarabi dan Alhallaj di Timur Tengah.

Di Aceh, pada abad ke-17, salah satu pengajarnya adalah Syekh Hamzah Fansury dan Syekh Syamsuddin al-Sumatrani, seorang ulama beraliran Syiah. Paham tersebut berseberangan dengan pandangan ulama kerajaan yang lebih dekat pada pandangan ortodoks Ahlu Sunnah wal Jamaah.

Para pengikut ajaran tersebut kemudian memiliki pandangan yang bahkan lebih ekstrem dari ajaran Syekh Fansury. Belakangan, kaum tersebut terus meningkatkan oposisinya terhadap Ratu Naqiatuddin dengan melakukan sabotase pembakaran kota Banda Aceh. Mereka bersikeras bahwa Aceh harus kembali dipimpin lelaki.

Berbagai tantangan besar yang dihadapi Ratu Naqiatuddin pada awal pemerintahannya membuatnya kesulitan memajukan perekonomian rakyat. Namun, Ratu Naqiatuddin terus melakukan upaya agar keluar dari persoalan yang mengadangnya. Dia kemudian melakukan perubahan-perubahan dalam pemerintahan antara lain menyempurnakan Kanun Al Asyi atau Adat Meukuta Alam. Kanun Al Asyi merupakan Undang-Undang Dasar Kerajaan. Perubahan tersebut dilakukan guna menekan oposisi kaum Wujudiyah.

Ahli sejarah mengatakan kanun Al Asyi merupakan undang-undang yang paling sempurna pada zamannya. Sehingga, undang-undang tersebut pada waktu itu banyak dijadikan pedoman oleh Kerajaan-Kerajaan Islam di Asia Tenggara.

Di antara perubahan penting yang dilakukan Ratu Naqiatuddin, yaitu terkait pengangkatan Sultan dan penyempurnaan federasi tiga segi yang telah dibentuk oleh Seri Ratu Tajul Alam Safiatuddin, yaitu Sagi XXII Mukim, Sagi XXV Mukim dan Sagi XXVI Mukim. Perubahan tersebut dilakukan atas petunjuk Kadi Malikul Adil Syekh Abdurrauf Syiah Kuala dan persetujuan Balai Majelis Mahkamah Rakyat.

Ketiga sagi tersebut mempunyai kedudukan yang sangat kuat, antara lain mereka yang memberikan kata akhir dalam pengangakatan atau pemberhentian seorang sultan. Seperti dinyatakan dalam Kanun Meukuta Alam di antaranya bahwa yang berhak memilih dan memakzulkan sultan, yaitu Seri Imeum Muda, Cot'oh, Panglima Sagi XXVI Mukim.

Kemudian, Seri Setia Ulama, Panglima Sagi XXV Mukim, Seri Muda Perkasa Panglima Polem, Panglima Sagi XXII Mukin dan Kadi Malikul Adil (Ketua Mahkamah Agung). Selanjutnya, seorang sultan yang akan diangkat diwajibkan membayar 32 kati emas murni sebagai jinamei dan 16.000 ringgit uang tunai sebagai dapha. Jinamei dan dapha tersebut dibagikan kepada Panglima Sagi XXV Mukim, Panglima Sagi XXVI dan Panglima Sagi XXVII Mukim masing-masing sepuluh kati emas dan lima ribu ringgit.

Seorang sultan baru boleh dan sah dinobatkan apabila sultan sebelumnya meninggal atau dimakzulkan. Kepala-kepala pemerintahan di luar Aceh Rayek. Sedangkan, Kepala Pemerintahan dalam Aceh Rayek diberikan secara turun temurun, tanpa ada pengangkatan baru kecuali jika beralih keturunan. Kemudian, pemerintah daerah diberikan hak otonomi seluas-luasnya baik terkait keuangan dan keamanan. Kecuali, beberapa sumber kekayaan yang langsung dikuasai oleh sultan. Urusan luar negeri juga menjadi kewenangan sepenuhnya dari sultan.

Tindakan yang dilakukan oposisi kaum Wujudiyah memang mengganggu pemerintahan Ratu Naqiatuddin. Sabotase yang dilakukan mereka juga membawa dampak negatif terhadap pemerintahan setelah Ratu Naqiatuddin. Pencapaian berbeda Ratu Naqiatuddin dengan pendahulunya Ratu Safiatuddin. Pada masa itu, pemerintahan Ratu Safiatuddin mencapai kemajuan yang cukup baik, terutama dalam bidang ilmu pengetahuan.

Ratu Naqiatuddin lalu wafat pada 1 Zulkaidah 1088 Hijriyah atau 1678 Masehi di Banda Aceh. Dia kemudian digantikan oleh Ratu Zakiatuddin Inayat Syah. Dia dilantik sebelum Ratu Naqiatuddin dimakamkan. Itu dilakukan sama ketika Ratu Naqiatuddin menggantikan Ratu Safiatuddin.